Discovering new pathogenic variants by In silico analysis

Abstract

Inherited diseases are health problems caused by one or more abnormalities in the genome. It can be caused by changes in a single gene (monogenic) or multiple genes (polygenic), or by a damage on chromosomes. Genetic variation is the differences in the DNA sequences that can be observed within a species or in alleles. Evaluation of genetic variants, together with reported phenotypic or pathogenic annotations from non-human organisms, facilitates the comparison of these variants with their human counterparts. In this work, we combined pathogenic and phenotypic annotations with variants, and these phenotypic orthologous variants from seven organisms can provide clues to the functional consequences of human genetic variants.

Kalıtsal hastalıklar, genomdaki bir veya daha fazla anormalliğin neden olduğu sağlık sorunlarıdır. Tek bir gendeki (monogenik) veya çoklu genlerdeki (poligenik) değişikliklerden veya kromozomlardaki bir hasardan kaynaklanabilir. Genetik varyasyonlar ise bir tür içinde veya alellerde gözlemlenebilen DNA dizilerindeki farklılıklardır ve bu varyasyonlar patojenik veya fenotipik etkilere neden olabilir. İnsan olmayan organizmalardan alınan ve literatürde fenotipik veya patojenik olduğu bildirilen varyant verilerinin tüm varyantlarla eşleştirilip birlikte değerlendirilmesi, bu varyantların da insan eşdeğerleri ile karşılaştırılması birçok analiz ve tahmin için yardımcı olabilir. Bu çalışmada, patojenik ve fenotipik varyant verilerini varyantlarla birleştirdik ve yedi organizma için muadil insan varyantları ile eşleştirilmelerini sağladık. Elde edilen eşleşmiş fenotipik varyantların, insan genetik varyantlarının işlevsel sonuçlarına dair ipuçları sağlayabiliceği sonucuna vardık.